1992年，注册成立平顶山市河南城专建筑规划设计所，注册资金20万元。

2009年，由河南城建学院（原平顶山工学院）批准成立河南城建学院规划设计研究院，属学校二级机构。

2011年，经河南省工商管理局核准成立河南城镇综合设计研究院,注册资金329.4万元。

2019年5月，进行了经营管理机制改革；2021年12月，完成了公司制体制改革，更名为河南城院卓越综合设计研究院有限公司，股东由河南城建学院变更为河南城建学院资产经营管理有限公司，注册资金不变。

2023年3月，启动设计院深化改革工作，完善了设计院公司法人治理结构，实现了职业经理人制度，建立健全了设计院公司经营管理制度，为设计院健康稳定发展奠定了坚实基础。